Die Electronic Frontier Foundation (EFF) warnt vor dem Download und dem Einsatz von
Google Desktop 3. Wie die Bürgerrechtler festhalten, könne die Nutzung der Software das Risiko einer Privatsphären-Verletzung erheblich erhöhen. Insbesondere das Feature "Search Across Computer" steht dabei im Brennpunkt: Damit würden Word- und andere Dokumente sowie PDFs auf den Google-Servern gespeichert und dadurch quasi öffentlich, wie die EFF moniert. Auch die amerikansichen Behörden könnten darüber ohne gerichtlichen Beschluss Einblick in private Dokumente erhalten.